La ordenación de los fondos consiste en disponer físicamente los documentos en las estanterías siguiendo un criterio que permita localizarlos con rapidez. Existen dos grandes sistemas.
Ordenación sistemática. Los documentos se colocan agrupados por materias, siguiendo un sistema de clasificación, normalmente la Clasificación Decimal Universal (CDU). Reúne en un mismo lugar las obras de contenido afín, de modo que el usuario que busca sobre un tema encuentra próximas otras obras relacionadas. Es el sistema propio del libre acceso, porque favorece la exploración directa de las estanterías (browsing). Su inconveniente es que desaprovecha espacio: hay que dejar huecos para las nuevas incorporaciones dentro de cada materia, y los reajustes obligan a mover fondos.
Ordenación por número currens (numerus currens). Los documentos se colocan por su orden de entrada o registro: a cada obra se le asigna el número correlativo siguiente al último empleado, con independencia de su materia o formato. Aprovecha al máximo el espacio (el fondo crece linealmente sin dejar huecos) y es rápida de gestionar, pero dispersa las obras de una misma materia y obliga a consultar el catálogo para localizar cualquier documento. Por eso es el sistema típico de los depósitos cerrados, donde solo accede el personal.
La signatura topográfica es el código que fija la posición exacta del documento en la estantería y sirve de enlace entre el catálogo y el depósito. En ordenación sistemática suele componerse de: el indicativo de la CDU (materia), la notación de autor o notación Cutter (letras y cifras derivadas del apellido del autor o del título) y, cuando procede, otros elementos como el número de volumen o de ejemplar. Se reproduce en el tejuelo del documento y en el registro catalográfico.
Libre acceso frente a depósito cerrado. En libre acceso el usuario circula entre las estanterías y toma los documentos directamente, lo que exige ordenación sistemática, buena señalización y mantenimiento constante del orden. En depósito cerrado los fondos están reservados al personal, que los sirve por petición; permite ordenación por número currens y un aprovechamiento óptimo del espacio.
Gestión de los depósitos. El depósito puede ser de estantería fija (pasillos permanentes) o compacta/móvil (estanterías sobre raíles que se desplazan y solo abren un pasillo cada vez, con lo que duplican la capacidad de almacenamiento). Deben controlarse las condiciones ambientales: temperatura estable en torno a 16-21 °C y humedad relativa del 40-60%, evitando fluctuaciones bruscas, además de iluminación controlada y limpieza. Otros recursos son los depósitos de gran altura y los depósitos remotos o externos, destinados a fondos de baja consulta. La señalización de módulos, estanterías y baldas y un buen aprovechamiento del espacio son esenciales.
Preparación física. Antes de colocar el documento se realiza su preparación: sellado, registro, tejuelado y, en su caso, magnetización o etiqueta de radiofrecuencia. El tejuelo es la etiqueta que se adhiere en el lomo (o en la parte inferior) y reproduce la signatura topográfica; es la marca visible que permite ordenar y localizar la obra en la balda.
Los recuentos (inventarios) consisten en comprobar físicamente que los fondos existentes coinciden con los registrados en el catálogo. Su finalidad es detectar pérdidas, hurtos, documentos deteriorados y errores de colocación, así como conocer el estado real de la colección. Se realizan periódicamente y suelen aprovecharse para tareas de expurgo (retirada de fondos obsoletos o deteriorados). Un recuento puede hacerse contra el catálogo (comprobar que cada registro tiene su ejemplar) o desde la estantería.
Colocación y mantenimiento del orden. La colocación devuelve a su sitio los documentos devueltos o consultados. El mantenimiento del orden incluye la reordenación periódica de las baldas y la revisión de estanterías (reading shelves): recorrer las baldas comprobando que cada documento está en su posición correcta según la signatura y corrigiendo los que están mal colocados.