El Gobierno de Cantabria se organiza en nueve Consejerías, según el organigrama oficial publicado en cantabria.es.
Sus denominaciones vigentes son:
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Consejería de Presidencia, Justicia, Seguridad y Simplificación Administrativa.
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Consejería de Fomento, Vivienda, Ordenación del Territorio y Medio Ambiente.
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Consejería de Economía, Hacienda, Financiación Autonómica y Fondos Europeos.
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Consejería de Educación, Formación Profesional y Universidades.
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Consejería de Cultura, Turismo y Deporte.
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Consejería de Desarrollo Rural, Ganadería, Pesca y Alimentación.
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Consejería de Industria, Empleo, Innovación y Comercio.
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Consejería de Salud.
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Consejería de Inclusión Social, Juventud, Familias e Igualdad.
Cada Consejería tiene una Secretaría General y varias Direcciones Generales, y tiene adscritas o dependientes entidades de distinta naturaleza: organismos autónomos, sociedades públicas, fundaciones y centros.
La mayoría de las sedes están en Santander. El Parque Científico y Tecnológico de Cantabria (PCTCAN), en la calle Albert Einstein, reúne las sedes de las Consejerías de Desarrollo Rural, Ganadería, Pesca y Alimentación y de Industria, Empleo, Innovación y Comercio, además de otras Direcciones Generales.